Los chihuahuas son una raza que requiere atención de un veterinario experto en áreas tales como nacimiento y cuidado dental. Los chihuahuas pueden tener anomalías genéticas, usualmente neurológicas, tales como epilepsia y apoplejías.
Los chihuahuas, como otros perros miniatura, también tienden a algunas condiciones dolorosas como luxación de codo, etcétera.
Otra anomalía genética en los chihuahuas y otras razas miniatura es la hidrocefalia, o agua en el cerebro. Esta condición aparece en cachorros jóvenes y generalmente resulta en la muerte del cachorro para el tiempo que llega a los seis meses de edad. Se piensa que esta enfermedad se diagnostica porque el cachorro tiene una cabeza anormalmente grande durante los primeros meses de vida, pero otros síntomas son más notables (debido a que «una cabeza grande» es una descripción muy vaga). Los cachorros chihuahuas que muestran hidrocefalia tienen cráneos parchados de placas en vez de hueso sólido, y típicamente son letárgicos y no crecen al mismo ritmo que sus hermanos. Un verdadero caso de hidrocefalia puede ser diagnosticado por un veterinario, aunque el pronóstico es desalentador.
Sin embargo algunos chihuahuas pueden tener lo que se denomina fontanela (mollera), y es totalmente natural y aceptado para la raza, la cual es una separación de los huesos craneales.
Los chihuahuas son también conocidos por sus fontanelas, consistente en un inofensivo punto suave en sus cráneos. El chihuahua es la única raza de perro que nace con un cráneo incompleto. La fontanela se llena con la edad, pero requiere gran cuidado durante los primeros seis meses hasta que el cráneo está totalmente formado. Muchos veterinarios no están familiarizados con los chihuahuas como raza, y suelen confundir la fontanela con hidrocefalia. El Chihuahua Club of America ha emitido una declaración referente a este diagnóstico erróneo.
Los chihuahuas tienden a las infecciones oculares debido a sus grandes, redondos y protuberantes ojos y su relativa cercanía con el suelo.
Los chihuahuas de coloración moteada, o descendientes de padres con tal coloración, tienden a una serie de complicaciones adicionales de la salud. La coloración moteada es un portador de otras posibles y severas condiciones oculares y ceguera, sordera, hemofilia, esterilidad, y otras condiciones médicas. Los compradores que poseen o desean comprar un chihuahua moteado deben hacer una investigación sobre las posibles condiciones de salud de esta coloración. (Ver publicación chihuahua Merlé o Mirlo).
